明朝天啟四年，公元1624年，逃亡日本的中國海盜顏思齊和28位結拜兄弟，計劃在日本起義，推翻德川幕府，建立華人政權。起義失敗后，顏思齊和兄弟們來到臺灣，成為繼林鳳之后第二批集體開發臺灣島的大陸人。顏思齊也因此，以海盜的身份，在海峽兩岸被稱為“開臺圣王”。

　　朝隆慶開關以后，明朝的海禁政策已經廢除，沿海商人與政府的主要矛盾已不在，東南沿海算是消停了一段時間。老一代的海商們有散伙了的，也有給打沒影了的。但短暫的平靜后，新興的武裝團伙還是漸趨興起了。

　　晚明東南海商的實力，和明朝海軍的實力，其實是成反比的。明朝萬歷年間張居正改革時期至萬歷三十年（公元1602年）之前，是中國東南沿海比較安定的時候，那時候經歷過剿倭戰爭和抗倭援朝戰爭的明朝海軍實力強勁，東南海疆安定。但萬歷中后期之后，隨著北方邊患日重，海防也日漸廢弛，精兵猛將更一撥撥往遼東調，不甘寂寞的海商們再次崛起。隆慶開關后的海商勢力，主要以福建海商為主。早期尤以漳州海商最強。

　　明朝解除海禁初期，規定漳州月港為主要通商口岸，沿海商人出海做生意，歸港復命，都要在這里辦理。近水樓臺先得月的漳州商人，也就迅速發展起來了。在明朝解禁海禁初期的萬歷二年，公元1574年，月港每年上交的稅銀，還只有區區五千兩。而十九年后的萬歷二十一年，公元1593年，就上漲到了五萬兩，號稱“天子東南銀庫”。

　　發展如此迅猛，一是大明朝的生產力太強，當時中國的絲綢、瓷器，還是全球歡迎的“高利潤產品”。而中國海商的擴張速度也更強，以日本廣島長崎為例，萬歷三十年（公元1602年），在長崎島做生意的華商，還不到十個人，十年以后，居然就激增到了上千人。事實上當時中國海商的足跡，已經遍布到了從日本至東南亞的整個航線，比如在菲律賓，華人的人口就增長到了上萬人。東南外貿，一派欣欣向榮。

　　這段歷史，也素來被看做明王朝“對外開放”的時期，但就明朝政府而言，這樣的“開放”其實是很有限的，政府對此控制極嚴，出海的商人，必須要去政府有關部門辦理“勘合”，即出海許可證，在許可證上要寫明出海的日期，歸來的日期。一旦超期，就要遭到嚴懲。嚴重的甚至會被沒收貨物。可是茫茫大海，情況瞬息萬變，哪有這么容易能準時回來的？

　　“違禁貨物”這條，內容幾乎每年都變，基本上是什么貨物賺錢，什么就是違禁。以收稅來說，在“隆慶開關”后的重點貿易地區福建月港，商業稅的征收就幾經變化，稅收名目多如牛毛，比如有出海的手續費、交易的關稅、貨物稅等等，而且名目經常變化。到了萬歷后期，萬歷帝向全國各地派太監強征稅賦，沿海地區也未能幸免，當時太監高采在福建橫征暴斂，幾乎引起民變。

　　已經走向“對外開放”的中國，對于海外貿易的管理依然是粗線條的，更沒有出臺一部完整穩定的，適合海外貿易發展大勢的法律。封建末期的明王朝，與這個大航海時代其實已日益脫節。從萬歷中后期開始，一度消停的中國東南沿海走私團伙死灰復燃，各個有兵有槍，往來于千里海岸線上，生意也越干越大，一開始，不過是販賣點違禁物品，后來就開始勾搭連環，在沿海上興風作浪，打劫往來商旅，甚至上岸打家劫舍，漸成明王朝海防大患。

　　如果僅僅是一群中國海盜也就算了，偏偏這幫人還有“外援”。海商們最早打交道的對象，是葡萄牙人和西班牙人，葡萄牙人當時盤踞澳門，和明朝政府的關系也密切，雖與各路海商勢力也常打交道，但礙于明王朝的盤查，外加利益紛爭，與中國海商們的爭斗也非常多。

　　而盤踞馬尼拉的西班牙人，一度是中國海商們的重要合作伙伴，萬歷中后期起相繼崛起的海商勢力，其頭領大多都曾游走于菲律賓一帶。西班牙人統治菲律賓期間，雖然竭力發展與華商的貿易往來。但好景不長，眼見華人賺了盆滿缽滿，又兼菲律賓華人人口增長太快，紅眼帶忌憚，令西班牙人多次發動排華運動，在萬歷、天啟年間都曾大肆屠殺菲律賓群島的華人。